-En julio del 2009, a partir de la iniciativa y convocatoria de miembros de Humanistas Racionalistas del Perú y Ateos en Perú se llega a la decisión de fundar una organización formal de no creyentes peruanos (hasta esa fecha solo había grupos de facto o virtuales).
-El nombre de a Asociación Peruana de Ateos (APERAT) se obtuvo vía correo-e por 16 votos contra 15 a favor de Comunidad de Ateos del Perú en una votación en segunda vuelta el 13 de agosto del 2009 luego de haber superado a otros nombres en una primera vuelta (Asociación de Ateos del Perú, Asociación de Ateos Humanistas del Perú, Asociación Irreligiosa Peruana, Asociación Materialista y Humanista del Perú, Asociación Peruana de Pensamiento Critico, Ateos Unidos del Perú, Comunidad Escéptica y Racional del Perú, Federación Atea del Perú, Liga Atea, Comunidad de Ateos del Perú, Asociación Peruana de Ateos). Hasta donde se sabe, cronológicamente,es la primera organización formal con la palabra "ateos" de Latinoamérica
-El 12 de agosto de ese mismo año, en una cafetería situada en el Distrito de Miraflores, se eligió en Asamblea el Primer Consejo directivo de la APERAT, teniendo como Presidente a Manuel Paz y Miño, Licenciado en Filosofía, Vicepresidente a Manuel Humala Urrutia, de profesión abogado, y Rafael Ocaña Lorenzo, de profesión contador.
-La APERAT sólo hasta abril del 2011 se pudo inscribir exitosamente en la Superintendencia Nacional de Registros Públicos del Perú (SUNARP) luego de haberse subsanado las diversas observaciones de ésta al Estatuto de la asociación.
-En agosto del 2012 fue elegido en el mismo cargo de Presidente, Iván Antezana, con estudios universitarios inconclusos en arqueología y economía.
-En diciembre del 2013 se eligió a Mariano Querol, Médico-psiquiatra como el nuevo Presidente de la asociación.
-En mayo del 2014 se eligió a Henry Llanos, Bachiller en Ingenieria de Sistemas, como Presidente de la APERAT.
-Según el acta literal de la APERAT emitida por la SUNARP el 4 de abril del presente 2016 (véase las imágenes de abajo), solo se inscribieron ante el Estado peruano los consejos directivos de Paz y Miño y Querol teniendo ambos así poderes legales para representar a la asociación, convocar a asambleas y elecciones, y efectuar las demás funciones según el estatuto de ella durante sus respectivos periodos.
-Al no inscribirse nunca en la SUNARP el consejo directivo de Antezana y hacerlo infructuosamente el de Llanos, ambos fueron Presidentes solo de nombre, virtuales, sin ningún poder legal.
-En conclusión, la APERAT carece de un consejo directivo legítimo (con Presidente, Vice Presidente y Secretario Tesorero) hasta el día de hoy.
-La página web de la APERAT que contenía el estatuto e información diversa sobre sus actividades, incluyendo la de los fondos de la asociación, actualmente no contiene nada, ha sido vaciada: http://www.ateosperuanos.org. Felizmente hay copia del estatuto de la APERAT aquí: http://asociacionperuanadeateos-aperat.blogspot.pe/2016/01/estatutos-de-la-asociacion-peruana-de.html
-El Facebook (original) de la APERAT: https://es-es.facebook.com/APERAT, creado en el mismo año de la fundación de ésta, tiene en la actualidad más de 13,000 simpatizantes incluyendo creyentes que han hecho click en la opción "Me gusta". Es administrado ilegal y arbitrariamente por una camarilla que se ha apoderado de ella, y que no permite que más ateos se inscriban como miembros, según manda su Estatuto, impidiendo que la asociación crezca para así lograr sus fines y metas.